Los acuíferos se clasifican en cuanto a su estructura, su comportamiento hidráulico, su textura, su litología, y la movilidad de su agua.
En cuanto a su estructura y su comportamiento hidráulico pueden clasificarse en “libres”, “confinados” o “semiconfinados”. Un mismo acuífero puede ser libre, confinado y semiconfinado según sectores y el área de estudio.
El acuífero “subestimado, freático o libre” es aquel en el que se encuentra una superficie libre y real de agua encerrada en contacto con el aire y la presión atmosférica, por lo que su presión es en realidad igual a la presión atmosférica. No tienen una capa de materiales impermeables encima de ellas. En el acuífero libre el nivel freático coincide con la superficie y se encuentra en contacto directo con la zona subsaturada del suelo. Su posición varía dependiendo de la época de lluvias o las épocas secas.
Los acuíferos “confinados”, “cautivos”, “a presión” o “en carga” son aquellos cuerpos de agua que se acumulan en la roca permeable y están encerrados entre dos capas impermeables. En estos acuíferos el agua está sometida a una presión mayor a la de la atmósfera y ocupa todos los poros y huecos de la formación geológica saturándola totalmente. No existe “zona no saturada”. Si se perfora este acuífero, el nivel de agua ascenderá hasta situarse en una posición que coincidirá con el nivel de saturación del acuífero en el área de recarga. El agua está sometida a una presión mayor a la atmosférica y sólo recibe agua de lluvia en zonas donde los materiales son permeables en puntos generalmente distintos de donde reside el cuerpo del agua. El acuífero “semi-confinado” ocurre cuando el estrato de suelo que lo cubre tiene significativamente menos permeabilidad que el acuífero en sí, pero no es impermeable, permitiendo que ocurra la descarga y recarga a través de este estrato. El muro y/o el techo no son totalmente impermeables y permiten la filtración vertical del agua, por lo que puede recargarse o perder agua a través del techo o de la base. Según la movilidad del agua se pueden clasificar en “acuíferos”, “acuitardos”, “acuicludos” y “acuifugos”. La velocidad del agua dependerá de la porosidad y percolación de la roca a una velocidad de 1 centímetro por año.
Los “acuíferos” almacenan y transmiten agua subterránea, por lo general en arenas porosas y calizas fisurales.
Los “acuitardos” son buenos almacenes pero malos transmisores de agua subterránea por transmitirla lentamente (por ejemplo, compuestos de limos).
Los “acuicludos” son buenos almacenes pero nulos transmisores (el caso de arcillas)
Los “acuifugos” no almacenan ni transmiten agua como los constituidos de granitos, cuarcitas no fisuradas.
Según las características litológicas en “detríticos” o “carbonatados”
Según su textura se pueden clasificar en “porosos” y “fisurales”
Los acuíferos “porosos” son aquellos en los que el agua se encuentra embebida en una esponja dentro de poros intercomunicados entre sí existiendo permeabilidad como en arenas y gravas
Los acuíferos “fisurales” son aquellos que el agua se encuentra en fisuras o diaclasas comunicadas entre sí, pero el agua se comporta de forma heterogénea.
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